Според информации в медиите по произход Мустафа Хаджи е помак. Началното си образование завършва в родното си село, след което продължава в техникум по горско стопанство във Велинград. През 1982 г. влиза в казармата и след уволнението си започва работа в родния си край. Работи две години на каскада „Белмекен – Сестрино", а след това в завод „Васил Сотиров" във Велинград като работник по сушене на дървесина.
През ученическите си години тайно взима частни уроци по религия при ходжите на село, а след това във Велинград и други населени места. В началото на 1990 г. става имам в родното си село и две години практикува тази дейност. След това е назначен за заместник главен мюфтия в Главното мюфтийство, София. През 1993 г. заминава за Йордания, където завършва Теологическия факултет на Университета „Ярмук". През 1997 г. се дипломира и се завръща в България.
Избран за Главен мюфтия
През октомври 1997 г. на обединителната мюсюлманска конференция е избран за главен мюфтия. През 2000 г. мандатът му на главен мюфтия свършва, след което е избран за председател на Висшия мюсюлмански съвет (ВМС).
През тригодишния си мандат паралелно завършва магистърска степен по сравнително религиознание в Нов български университет, а през 2002 г. записва докторантура в Университета „Мармара", Истанбул и я защитава през 2008 г. През 2003 г. свършва мандатът му във ВМС, след което е назначен за ректор на Висшия ислямски институт. През 2005 г. се провежда извънредна национална конференция, на която той отново е избран за главен мюфтия.
Обявяване на агентурното му минало от Румен Петков
Агентурното минало на Мустафа Хаджи е обявено за първи път в края на месец май 2006 г. от тогавашния министър на вътрешните работи Румен Петков в отговор на запитване на Николай Бареков, тогава водещ на Би Ти Ви, който отправя към него питане за редица известни политици, магистрати и духовници. Мустафа Хаджи е единственото изключение извън имената по политиците.
По това време министър Петков предизвиква обществен скандал с изборното изваждане на досиета на известни журналисти, като обаче целта му е да удари критикуващият го водещ по Нова телевизия Георги Коритаров – агент „АЛБЕРТ" на Държавна сигурност. В резултат от скандала общественото настроение за отваряне на досиетата надделява над политическата конюнктура и се стига до приемането на нов закон за досиетата, след като предният от 1997 г. е отменен с гласовете на БСП, ДПС и НДСВ през 2002 г.
В изнесената от министър Румен Петков информация за Мустафа Алиш Хаджи е посочено, че той е регистриран като агент на 11 декември 1989 г. с псевдоним „АНДРЕЙ". Няма данни да е давал съгласие и да е подписвал декларация за сътрудничество. Материалите за него са унищожени през февруари 1990 г. Поради краткия срок сътрудничеството не е осъществено.
Официалното огласяване на сътрудничеството
Принадлежността на Мустафа Хаджи е официално обявена през януари 2012 г. от Комисията по досиетата при проверката на мюсюлманското изповедание.
Комисията обявява, че разполага с данни в наличните документи, удостоверяващи принадлежност на Мустафа Алиш Хаджи към ДС след 10 ноември 1989 г. Според изнесената информация самият Хаджи е вербуван 4 дни след смятана на Живков – на 14 ноември 1989 г.
В картона е записан с името Мануш Вихренов Хаджиев – дърводелец. Това време съвпада с работата му в завод във Велинград като работник, който се занимава със сушене на дървесина.
Няма данни до кога е продължило сътрудничеството. Според официалната биография на Мустафа Хаджи в началото на 1990 г. той става имам в родното си село. Интересното обаче е, че фактите показват, че досието му не е унищожено през 1990 г., както през 2006 г. обявява министър Румен Петков, а едва през 1992 г. По това време управлява СДС с правителството на Филип Димитров.
Позицията на Мустафа Хаджи за обявената му принадлежност към ДС
Главният мюфтия на България Мустафа Алиш Хаджи публично отрича да е сътрудничил на Държавна сигурност, след като Комисията по досиетата обявяването принадлежността му към ДС през 2012 г. при проверката на мюсюлманското изповедание. Той заявява:
„Преди 10 ноември [1989 г.] аз много пъти съм викан в полицията и съм писал обяснения. Този въпрос за принадлежност към Държавна сигурност е вече минало, история. Трябва да се погледне и да се знае, че има хора, които и в момента работят. Техните досиета кога ще излязат? Според мен трябва да се захванем с тях, а не с тези, които вече не са."
Мустафа Алиш Хаджи изразява убеденост, че не е служил на Държавната сигурност. „Аз не съм безгрешен. Като човек имам грешки, за които ще трябва да отговарям, но заслуга към Държавна сигурност нямам", заключава той.